Study on RIPK3 protein expression and kinase activity in disease pathogenesis
DC Field | Value | Language |
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dc.contributor.advisor | 김유선 | - |
dc.contributor.author | 노현진 | - |
dc.date.accessioned | 2022-11-29T03:01:28Z | - |
dc.date.available | 2022-11-29T03:01:28Z | - |
dc.date.issued | 2022-08 | - |
dc.identifier.other | 32213 | - |
dc.identifier.uri | https://dspace.ajou.ac.kr/handle/2018.oak/21218 | - |
dc.description | 학위논문(박사)--아주대학교 일반대학원 :의생명과학과,2022. 8 | - |
dc.description.abstract | 네크롭토시스는 분자적 기전을 통해 조절되는 세포 사멸 기작의 한 형태이다. 형태학적으로는 세포소기관의 팽창, 세포막의 파열 등 기존에 알려진 네크로시스의 특징을 보인다. 하지만 RIPK1, RIPK3, MLKL 등 주요 인자에 의해 세포 사멸이 특정한 기전을 따라 조절되는 양상이 네크로시스와 차별화된 특징이다. 네크롭토시스는 아폽토시스와 다르게 caspase에 비의존적인 기전을 가지며 결과적으로 세포막의 파열에 의한 세포 내 물질이 방출되기 때문에 주변의 면역 세포를 불러들임으로써 면역 반응을 유도하는 특징도 보인다. 네크롭토시스는 많은 보고를 통해 인간의 질병 발생 단계에 있어 관련성을 가진다고 알려져왔다. 주요 조절 인자인 RIPK3, MLKL 등의 knock out 기법을 이용하여 만든 동물 모델에서의 질병 관찰과 실제 환자의 티슈 분석을 통해 특히 RIPK3의 관련성이 중요한 의미를 띤다고 밝혀져왔다. 이러한 RIPK3의 발현과 활성을 조절하는 것이 질병 발생과의 연관성에 대한 연구를 할 때 중요한 점임을 시사한다. RIPK3는 세린/트레오닌 인산화 효소로 번역 후 수정 과정을 통해 그 활성이 조절된다고 알려진 단백질이다. 발현이 증가하거나 어떤 특정 상황에서 세린 227번 잔기에 자가인산화가 일어나면 인산화 효소로서 활성화된다. 하지만 어떠한 상황에서 어떻게 활성이 조절되는지에 대한 자세한 분자적 기전을 아직 밝혀지지 않았다. 이에 본 논문은 RIPK3의 활성을 조절하는 기전을 설명하고자 했다. PART Ⅰ은 관절염 모델에서 발현이 증가한 RIPK3의 기능에 대한 연구 결과를 보고한 것이며, PART Ⅱ는 활성산소에 의해 RIPK3가 자가인산화 되어 활성을 띠는 분자적 기전에 대한 연구 결과를 보고한 것이다. 현재까지 많은 질병에서 RIPK3의 역할이 보고되었지만 관절염 모델에서 RIPK3의 기능에 대한 연구는 거의 없었다. 이에 실제 관절염 환자의 조직을 분석하여 증가된 RIPK3의 발현을 확인하였고, 관절염을 유도한 마우스 모델과 콘트로사이트 세포를 사용해 발현이 증가된 RIPK3에 의해 관절염의 유도마커인 MMP3, MMP13, COX2 등의 증가를 관찰하였다. 이는 RIPK3에 의해 관절염 발생이 더 촉진될 수 있음을 시사한다. 이에 RIPK3의 활성을 조절하는 것이 관절염 치료제 개발에 있어 중요한 점이라 생각되어 RIPK3의 활성을 조절하는 약물로 AZ-628을 소개하였다. 결론적으로 발현이 증가된 RIPK3가 관절염을 촉진할 수 있으며, 이 때 RIPK3의 활성을 조절하는 AZ-628이 향후 관절염 관련 치료제로써 역할을 할 수 있는 가능성을 제시하였다. 두 번째 연구에서는 활성산소에 의해 시스테인 변형이 일어난 RIPK3가 자가인산화 되어 활성화되는 분자적 기전을 제시하였다. 세포 내에서는 대사 스트레스, 저산소증 등 활성산소에 대량 발생하는 상황이 관찰된다. 하지만 대부분의 경우 활성산소를 제거하는 기전으로 인해 세포 내 항상성이 유지되는데 이러한 항상성에 불균형이 생길 경우 활성산소는 RIPK3의 활성화에 기여할 수 있다. 활성산소는 시스테인 잔기의 산화를 유도하여 단백질 간 이황화 결합이 형성되는 원인으로작용한다. 이황화 결합이 형성된 단백질은 올리고머의 형태로 관찰되며 단백질 간 자가인산화 과정을 거쳐 인산화가 일어난다. 이러한 기전으로 RIPK3도 자가 인산화 되어 활성을 나타낸다. 본 연구를 통해 RIPK3의 활성이 어떻게 조절되는지에 대한 기전을 제시함으로써 활성산소에 의한 스트레스에 영향을 받는 다양한 질병에서 RIPK3의 역할에 대한 가능성을 시사하였다. | - |
dc.description.tableofcontents | IIntroduction 1 PART Ⅰ 4 TRIM24-RIPK3 axis perturbation accelerates osteoarthritis pathogenesis 4 I. Introduction 5 II. Materials and Methods 7 A. Human OA cartilage samples and experimental OA mouse models 7 B. Reagents 7 C. Primary mouse articular chondrocytes 8 D. Cell viability assay 9 E. Histology and immunohistochemistry 9 F. Western blotting 10 G. RT-PCR and qPCR 10 H. Collagenase and aggrecanase activity assay 10 I. Microarray analyses 11 J. In silico binding assay 11 K. Gene set enrichment analysis (GSEA) 12 L. Statistical analysis 12 III. Results 13 1. RIPK3 and MLKL expression patterns in various mouse tissue. 13 2. Non-canonical role of receptor-interacting protein kinase-3 (RIPK3) is related to osteoarthritis (OA) pathogenesis. 16 3. OA-signature genes were upregulated in RIPK3-overexpressing chondrocytes. 19 4. RIPK3 modulates OA pathogenesis 22 5. RIPK3 plays a key role in OA pathogenesis. 25 6. RIPK3 upregulation may potentiate OA pathogenesis via non-canonical MLKL-independent functions. 27 7. TRIM24 negatively regulates RIPK3-mediated OA pathogenic signatures 30 8. TRIM24 may negatively regulate elevated RIPK3 expression to accelerate OA pathogenesis 33 9. Identification of drugs that correlate with RIPK3 expression using CMap 36 10. RIPK3 kinase inhibition abrogates Ripk3 activity in OA pathogenesis 40 11. RIPK3 kinase activity inhibition by AZ-628 attenuated cartilage pathophysiology 43 IV. Discussion 45 PART Ⅱ 48 Regulation of ROS-mediated RIPK3 activation under glucose deprivation 48 I. Introduction 49 II. Materials and Methods 52 1. Cell lines and culture conditions 52 2. Antibodies and chemical reagents 52 3. Plasmid construction, mutagenesis and transfection 53 4. shRNA and reverse transcription-PCR (RT-PCR) 54 5. Purification of recombinant proteins 54 6. Cytotoxicity Assays 55 7. ROS measurement 55 8. Immunoblot analysis 56 9. Immunofluorescence analysis 56 10. Statistical analysis 57 III. Results 58 1. RIPK3 is phosphorylated at ser 227, followed by MLKL activation under glucose derivation condition 58 2. RIPK3 mediates MLKL phosphorylation in RIPK1-independent manner 61 3. AMPK is dispensable for RIPK3 activation under glucose deprivation condition 64 4. Accumulated ROS induce RIPK3 phosphorylation 67 5. ROS leads to RIPK1-independent MLKL phosphorylation 70 6. RIPK3 forms oligomerization through inter-chain disulfide bond 73 7. RIPK3 forms inter-chain disulfide bond dependent oligomerization during ROS induction 76 8. RIPK3 forms oligomerization in RHIM-independent manner 79 9. Activated MLKL accelerates cell death under glucose deprivation condition. 82 IV. Discussion 85 V. Reference 88 국문 요약 107 | - |
dc.language.iso | eng | - |
dc.publisher | The Graduate School, Ajou University | - |
dc.rights | 아주대학교 논문은 저작권에 의해 보호받습니다. | - |
dc.title | Study on RIPK3 protein expression and kinase activity in disease pathogenesis | - |
dc.type | Thesis | - |
dc.contributor.affiliation | 아주대학교 일반대학원 | - |
dc.contributor.alternativeName | Hyun-Jin Noh | - |
dc.contributor.department | 일반대학원 의생명과학과 | - |
dc.date.awarded | 2022. 8 | - |
dc.description.degree | Doctoral | - |
dc.identifier.localId | T000000032213 | - |
dc.identifier.uci | I804:41038-000000032213 | - |
dc.identifier.url | https://dcoll.ajou.ac.kr/dcollection/common/orgView/000000032213 | - |
dc.subject.keyword | RIPK3 | - |
dc.subject.keyword | ROS | - |
dc.subject.keyword | TRIM24 | - |
dc.subject.keyword | autophosphorylation | - |
dc.subject.keyword | disulfide bond | - |
dc.subject.keyword | kinase inhibitor | - |
dc.subject.keyword | oligomerization | - |
dc.subject.keyword | osteoarthritis | - |
dc.description.alternativeAbstract | Necroptosis is a type of programmed cell death triggered by various stimuli including tumor necrosis factor (TNF), TNF-related apoptosis-inducing ligand (TRAIL), interferon (IFN), and lipopolysaccharide (LPS). Multiple stimuli lead to necrosome formation, followed by activation of key mediators of necroptosis such as receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1 (RIPK1), receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3 (RIPK3) and mixed lineage kinase domain-like pseudokinase (MLKL) in a caspase-independent manner. Activated MLKL translocates to the plasma membrane, ultimately leading to cell rupture. Since released damage-associated molecular patterns (DAMPs) recruit immune cells and activate immune responses, necroptosis has recently been classified as an immunogenic cell death (ICD) response. Dysregulation of necroptosis has been known to be involved in numerous pathological conditions. Therefore, modulation of effector molecules, especially RIPK3, is thought to provide potential options for therapeutic intervention. Although the regulation of RIPK3 in TNF-mediated necroptosis is well defined, how RIPK3 is regulated under physiological conditions remains to be elucidated. In part Ⅰ of this study, the role of RIPK3 in osteoarthritis (OA), which is a degenerative joint disease, was investigated. Although necroptosis has recently been reported to drive arthritis, it remains unknown to what extent RIPK3 regulation is involved in OA. As RIPK3 plays a crucial role in necroptosis and dysregulation of RIPK3 is involved in various pathological processes, the role of the RIPK3 axis in OA pathogenesis was investigated. In vitro and in vivo analyses demonstrated that overexpression of RIPK3 accelerated cartilage disruption, whereas depletion of Ripk3 reduced DMM-induced OA pathogenesis. Furthermore, knockdown of tripartite motif containing 24 (TRIM24) upregulated RIPK3 expression and its downregulation promoted OA pathogenesis in knee joint tissues. The potent RIPK3 inhibitor AZ-628 was identified by CMap approach and in silico binding assay, and inhibition of RIPK3 kinase activity abolished RIPK3-mediated OA pathogenesis. In part Ⅱ of this study, the mechanism regulating RIPK3 activity was defined. ROS-mediated RIPK3 phosphorylation occurs under conditions of glucose deprivation leading to oxidative stress. RIPK3 undergoes oxidation at cysteine residues and forms oligomers via inter-chain disulfide bonds in a RIPK homotypic interaction motif (RHIM)-domain independent manner. By defining how RIPK3 is regulated under physiological conditions, this study highlights the potential for the development of anti-tumor agents that produce ROS and that allow exploitation of necroptosis for therapeutic applications. | - |
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